Во второй половине XVIII века Екатерина II затеяла масштабную реконструкцию Кремля. Она не могла не затронуть Собор Спаса Преображения, стоявший фактически в центре кремлёвского двора. Его довели до такого состояния, что сквозь кровлю в некоторых приделах росли деревья. Собор обмерили, разобрали и собрали вновь, уже из других материалов. Это до сих пор вызывает критику архитекторов, да и эстетически решение было довольно спорным: вместо старого набора пристроенных друг к другу церквей и церквушек получился аналогичный набор, только новый. На фоне масштабной застройки Кремля Собор Спаса Преображения выглядел бледно.
Во время наполеоновского нашествия французы, как известно, очень любили превращать храмы в конюшни. Собор Спаса Преображения этой участи избежал. Видимо, из-за небольших размеров. Вроде бы в соборе разместили склад фуража, однако известно, что проблем со складированием фуража осенью 1812 года у французов как раз не было из-за отсутствия предмета складирования. Поджигать храм или минировать его французы тоже не стали.
С окончанием строительства Большого Кремлёвского дворца затеяли ещё одну реконструкцию. И снова храму постарались вернуть исторический облик, которого никто не знал. Но слава самого старого здания Москвы была крепкой, и перестраивать, а уж, тем более, сносить собор никто не хотел. Так Собор Спаса Преображения на Бору и простоял до 1933 года. 1 мая, в День международной солидарности трудящихся, он был снесён по решению Советского правительства.
На уровне слухов осталась история о погубившей храм попытке архитекторов и реставраторов спасти его. Когда в 1932 году стало известно о предстоящем заседании Политбюро ЦК ВКП (б) по вопросу сноса ряда церквей, в том числе и Собора Спаса Преображения, специалисты поспешно начали проводить исследования возраста храмов. И оказалось, что самые старые надземные материалы собора относятся к середине XVIII века. Легенда о древности храма была разрушена.