В 1352 году суздальский князь Борис приказал заложить у стен города, на левом берегу речки Каменки, мужской монастырь-крепость в честь Преображения Спасителя. Первым игуменом обители стал монах Евфимий. В 1549 году благочестивый инок был причислен к лику святых Русской церкви. С той поры обитель именуется Спасо-Евфимиевой, однако главный собор монастыря сохранил прежнее посвящение, храм именуется Спасо-Преображенским.
В начале XVII столетия Россия переживала период польско-литовских нашествий и гражданских войн, известный как Смутное время. Спасо-Евфимиев монастырь был захвачен врагами, его укрепления служили базой для интервентов. В ходе военных действий многие сооружения обители обратились в руины. Во второй половине XVII века постройки восстановили, территорию окружила мощная краснокирпичная крепостная стена протяженностью в 1 200 метров с двенадцатью боевыми башнями.
В 1766 году императрица Екатерина II велела устроить в хорошо укрепленном монастыре тюрьму. В казематах содержались церковные раскольники, старообрядцы, сектанты, мятежные епископы и другие лица духовного звания. Монастырская темница стала последним пристанищем декабриста князя Федора Шаховского, умершего здесь в мае 1829 года. Об этом напоминает мраморная мемориальная плита. Имя декабриста увековечено в названии одной из суздальских улиц.
После революции монастырь стал тюремным лагерем особого назначения. Здесь содержались видные коммунисты, попавшие в жернова сталинских «чисток», осужденные иерархи Русской Православной Церкви. В 1940 году сюда заключили интернированных офицеров Чешского легиона во главе с Людвиком Свободой, будущим президентом Чехословакии.
В годы Великой Отечественной войны монастырь служил концлагерем для высших чинов гитлеровской армии, захваченных красноармейцами. В послевоенное время тут действовала колония для малолетних преступников.
Ныне великолепно отреставрированный монастырский комплекс превращен в музей, он находится в ведении Владимиро-Суздальского заповедника.