После короткого упадка на стыке тысячелетий Эфес попал под власть римлян и пережил новый расцвет. Снова строились храмы и общественные здания. Эфес был настолько богат, что его называли казнохранилищем Малой Азии. Из-за этой сомнительной славы погиб храм Артемиды – в 262 году готы не удовлетворились грабежом города и подожгли храм. Позже, уже при христианстве, в Эфесе состоялись два Вселенских собора, ведь, согласно Писанию, в городе жили и проповедовали апостолы Павел и Иоанн, последний даже перевёз в Эфес Святую Марию и писал здесь своё Евангелие.
Но, как мы знаем, бытие определяет сознание. К VII веку н. э. порт окончательно заилился, да и торговля сократилась ввиду разрыва связей. Эфес постепенно превратился в небольшую деревню. В XII веке, когда крестоносцы Второго крестового похода разбили под деревней Аясолук арабов, им стоило большого труда понять, что деревушка – это и есть бывший Эфес. Постепенно город окончательно разрушили эрозия и землетрясения, пока уже в 1860-х годах руины Эфеса не обнаружили вездесущие англичане. Город был разрыт и ныне его остатки можно рассматривать на территории нескольких квадратных километров.