Монастырь, как и многие шведские обители, не пережил эпоху Густава Васы. Правивший Швецией в течение 40 лет король считал, что сбором денег с верующих вполне справится и государство, а священникам надлежит заботиться о собственной нравственности и о таинствах брака. Монастырь Клары Ассизской в таких условиях быстро захирел, опустел, и в 1527 году его снесли.
За всякой реформой следует откат, и уже в 1590 году после 18 лет строительства была освящена новая церковь Святой Клары. Она сильно пострадала в пожаре 1751 года, пережила масштабную реконструкцию в конце XIX столетия и несколько ремонтов уже в ХХ веке, поэтому внешний вид его, хоть в целом и сохранился, но претерпел ряд изменений.