Первый археологический музей открылся на острове в 1882 году. В то время Кипром правили британцы, с совместной петицией о создании музея к ним обратились лидеры христианской и мусульманской общины острова.
Причиной стало варварское разграбление исторических ценностей. Предметы старины из незаконных раскопок массово вывозили контрабандой в США и Европу. Например, американский посол отправил на родину более 35 тыс. артефактов с Кипра.
Британцы разрешили открыть музей, но денег на него не дали. Первые десятилетия он существовал на пожертвования частных лиц. Строительство нынешнего здания началось в 1907 году.
На Кипре постоянно ведутся археологические раскопки, поэтому фонды регулярно пополняются. Из-за нехватки места многие находки передаются в небольшие местные музеи.