Слово «казачий» хоть в названии, хоть в описании, может вызвать удивление – казаки никогда в Санкт-Петербурге и окрестностях не жили. Объяснение простое: в городе всё же квартировали два полка казаков, но казачьим собор стал уже после своего возрождения в 1991 году. Приход считается не территориальным, а казачьим.
А вот людей, тоже связанных с ездой на лошадях, в Петербурге было предостаточно. На месте, где сейчас стоит Крестовоздвиженский собор, была слобода ямщиков – здесь проходила дорога на Новгород, единственная, связывавшая Петербург с внешним миром. Ямщики сначала выстроили церковь Иоанна Предтечи, она сгорела. В 1748 году построили каменный храм. Спроектировал и построил его Иван Шумахер, но не библиотекарь Петра I, а его младший брат, тоже Иван, построивший Арсенал в Кремле и Литейный Двор в Петербурге. Храм XVIII века имел в плане форму креста с алтарём, двумя приделами (Святого Николая и Иоанна Предтечи) и симметричными выступами в алтарной и привратной частях.
Первый храм Воздвижения Креста простоял 100 лет, а потом просто обветшал. Проект нового здания разработал Егор Диммерт, ученик Василия Стасова. Новый Крестовоздвиженский храм построили с 1848 по 1852 год. При постройке использовали солидные фрагменты старого храма, поэтому собор считается одним из самых старых существующих храмов Санкт-Петербурга.
Приход Крестовоздвиженского храма был очень большим – до 15 000 человек. Это означало солидные доходы, но причт (он считался лучшим в Санкт-Петербурге) не сидел на мешках с золотом. При храме работали три приюта, столовая для бедняков, «Братство трезвости» и Общество Вспомоществования бедным.
При Советской власти Крестовоздвиженский собор простоял нетронутым до 1938 года – в нём служили «обновленцы». Затем изгнали и их, а в храме устроили хранилище кинофильмов. В самую страшную блокадную зиму 1941 / 1942 годов в соборе складывали тела умерших людей – похоронить их в мёрзлой земле было невозможно. После войны в здании была устроена реставрационная мастерская, объёмом работ больше напоминавшая завод – когда в 1991 году собор передавали казачьему приходу под названием «Невская станица», на вывоз оборудования потребовалось две недели.