Центр «Москвариум» расположен на территории ВДНХ. До центрального входа выставочного комплекса можно добраться на метрополитене (станция «ВДНХ»), автобусах и маршрутных такси 56, 56м, 76, 76м, 33к, 533м, 93, 136, 154, 154м, 195, 213м, 244, 311м, 334м, 803, а также на троллейбусе (№15, 13, 73) и трамвае (№25, 11, 17).
Въезд на территорию ВДНХ является платным и в период работы океанариума закрыт. Более того, стоимость стоянок внутри комплекса начинается от 700 рублей. Поэтому целесообразно оставить личный автомобиль на бесплатных парковках по четной стороне улицы Космонавтов (Космонавтов 2, 4, 6, 10/1), или по обеим сторонам 2-го Сельскохозяйственного проезда и улицы Кибальчича.
От выхода станции метро «ВДНХ» до «Москвариума» с 9-40 до 20-45 курсируют специальные бесплатные маршрутные такси с интервалом в 10-15 минут. Узнать их можно по фирменному дизайну океанариума.