На последнем ярусе этой башни, расположенной напротив собора Василия Блаженного, висел набатный колокол, отсюда и название Набатной башни. В отличие от церковного звона, звук у «всполошного» колокола был особый, тревожный и пронзительный. Звонари, завидев пожар, раскачивали бронзовый язык настолько отчаянно, что колокол иногда трескался.

Так произошло на звоннице Набатной башни в 1714 году. По приказу императора Петра Первого мастер Иван Моторкин перелил ущербный колокол в новый, весом в 150 пудов. Во время Чумного бунта в сентябре 1771 года на звонницу Набатной пробрались бунтовщики, и ударили в колокол, подняв на бессмысленное восстание всю Москву. Чумных звонарей, спровоцировавших беспорядки, так и не поймали. Но императрица Екатерина Великая приказала покарать колокол на Набатной: у него отрезали язык.

В середине 90-х годов XIX века археологи обнаружили в Набатной башне дверь потайного прохода в подвалы соседней Константино-Еленинской башни. В подземной галерее нашли тайник. Но спрятаны там были не царские сокровища, а чугунные ядра для пушек XVIIстолетия.